Organizační struktura České pirátské strany se zakládá na moci, která pochází z členů České pirátské strany, a je propůjčena orgánům strany a organizačním jednotkám, protože se to považuje za hospodárné. Orgány strany se navzájem kontrolují pomocí soustavy brzd a protivah, aby žádný z nich neuchopil veškerou moc a nepočínal si despoticky.
Česká pirátská strana má jednak ústřední orgány, jednak hierarchicky uspořádané organizační jednotky, kterými jsou oblastní sdružení krajská a místní. Orgány strany smí zasahovat do činnosti organizačních jednotek pouze v případech, kdy to předpisy dovolují. Je tak zajištěno, že k takovému zásahu musí svolit samy organizační jednotky, protože se podílejí jak na činnosti republikového výboru, tak na činnosti celostátního fóra. Naopak samotná možnost úpravy zaručuje, že se jednotka řídí politikou strany, kterou od strany očekávají voliči.
Za ústřední orgány se považují orgány společné pro celou stranu. Rozdělují se na tři oddělené moci: moc zákonodárná, moc výkonná a moc soudní, které se navzájem kontrolují, a každá z nich je přímo volena členskou základnou (zpravidla celostátním fórem). Při selhání může celostátní fórum zvoleného odvolat.
Kromě dělby moci se používá také členění podle způsobu odpovědnosti a pravomoci — rozeznává se moc politická a moc úřední. Moc politickou charakterizuje volnost v rozhodování (nikdo nenutí republikový výbor, aby přijal některý předpis, rovněž předsednictvo a komise), zatímco moc úřední ve většině případů postupovat musí, protože jinak by ohrozila stabilitu strany nebo porušila základní práva členů (například kontrolní komise nesmí věc nevyšetřit, pokud není podání zjevně neopodstatněné, a rozhodčí komise nesmí upřít rozhodnutí, mediální odbor sám nevymýšlí politiku strany, pouze ji prezentuje); moc úřední tvoří především odbory, které poskytují servis ostatním orgánům a členům strany, a rozhodčí a kontrolní komise, což jsou dva přezkumné orgány zaručující soudní ochranu právům členů a rozhodující spory ve straně.
Organizační jednotky strany se v mezích vnitřních předpisů spravují samy; mohou vydávat předpisy, podle nichž vykonávají své pravomoci (čl. 6(2) St).